Debido al flujo migratorio que mantiene Ecuador, al ser un territorio de paso y fronterizo con países que presentan desplazamientos forzados por situaciones económicas, políticas y sociales, la Misión Scalabriniana da la primera acogida a las personas en movilidad humana que ingresan al país, entregando alimentación, apoyo psicosocial y la información de cómo acceder a salud, educación y otros derechos.

La Misión gestiona dos casas de acogida en: Ibarra y Santo Domingo, las mismas que reciben al año un promedio de 4.000 personas migrantes y refugiadas, que se encuentran en tránsito migratorio o que prevén estabilizarse en las ciudades mencionadas o en lugares aledaños.